La Junta de Gobierno y Coordinación Política fue creada mediante decreto número 1941, el cual reformó y adicionó diversos artículos de la Ley Reglamentaria del Poder Legislativo del Estado de Baja California Sur, siendo aprobado el 26 de Octubre de 2011 y publicado en el Boletín Oficial del Gobierno del Estado el 21 de Diciembre del mismo año.

De acuerdo con los artículos transitorios del mencionado decreto, se constituyó formalmente e inició  sus funciones el 15 de Marzo de 2012, siendo su primer presidente el Diputado Gil Cueva Tabardillo, por ser el Coordinador de la fracción Parlamentaria del Partido Acción Nacional, misma que cuenta con el mayor número de integrantes en la XIII Legislatura.