De conformidad con la Constitución Política de la entidad, corresponde al órgano de fiscalización superior llevar a cabo la revisión de las cuentas públicas de las entidades sujetas a fiscalización, del periodo fiscal del año anterior, para que, posteriormente sean presentadas al pleno del Congreso del Estado.

Las entidades sujetas a fiscalización son:

1.- Ayuntamiento de Mulegé

2.- Ayuntamiento de Loreto

3.- Ayuntamiento de Comondú

4.- Ayuntamiento de La Paz

5.- Ayuntamiento de Los Cabos

6.- OOMSAPAS Mulegé

7.- OOMSAPAS Loreto

8.- OOMSAPAS Comondú

9.- OOMSAPAS La Paz

10.- OOMSAPAS Los Cabos

11.- Gobierno del Estado

12.- Tribunal Superior de Justicia

13.- Congreso del Estado

14.- Instituto Estatal Electoral

15.- Instituto de Transparencia y Acceso a la Información Pública

16.- Comisión Estatal de Derechos Humanos

17.- Tribunal Estatal Electoral

18.- Universidad Autónoma de Baja California Sur

19.- Instituto Tecnológico de Estudios Superiores de Los Cabos

20.- Instituto Tecnológico de Estudios Superiores de Comondú

21.- Instituto Tecnológico de estudios superiores de Mulegé

22.- COBACH

23.- CECYTE

24.- CONALEP

25.- IEEA