De acuerdo con la Ley del Órgano de Fiscalización Superior de Baja California Sur, habrá un titular al frente de dicho Órgano, llamado Auditor Superior, el cual es designado por el Congreso del Estado para un periodo de siete años, con posibilidad de ser reelecto para otro periodo igual.

Actualmente el Auditor Superior es el C.P. Julio César López Márquez, quien inició sus funciones en Mayo de 2008, por lo que su periodo vence en el mes de mayo del año 2015.

La Ley señala que el Auditor Superior será auxiliado en sus funciones por un Auditor General y dos Auditores Especiales.